پوهنتون هریوا یک نهاد علمی – تحصیلی خصوصی می باشد که در رأس آن ریاست عمومی پوهنتون و تحت آن شش بخش کلیدی معاونیت علمی، معاونیت مالی و اداری، معاونیت امور محصلان، ریاست پوهنحی ستوماتولوژی، ریاست پوهنحی کمپیوتر ساینس و ریاست پوهنحی حقوق و علوم سیاسی قرار دارد. هر یک از این بخش ها مسؤل مدیریت، تهیه و ترتیب پلان، اجراأت، نظارت و ارزیابی تمام فعالیت های مربوطه بخش خویش بوده و مستقیماً به ریاست پوهنتون گزارش ده می باشند. هیأت امنأ پوهنتون  هریوا مشتمل بر رئیس و سه معاونین مؤسسه می باشد که تصامیم راهبردی و عمده توسط این هیأت گرفته می شود.